Михаилу Ходорковскому, председателю правления НК "ЮКОС", 25 октября 2003 года предъявлено обвинение по 7 статьям УК России: пункты "а", "б" части 3 статьи 159, статья 315, пункты "а", "б" части 3 статьи 165 (причинение имущественного ущерба собственникам путем обмана, при отсутствии признаков хищения, совершенное организованной группой, в крупном размере), пункты "а", "в", "г" части 2 статьи 199, часть 2 статьи 198, часть 2 статьи 327 УК РФ (подделка официальных документов, совершенная неоднократно), пункты "а", "б" части 3 статьи 160 (присвоение или растрата чужого имущества организованной группой, в крупном размере).

Платону Лебедеву, председателю совета директоров МФО "МЕНАТЕП", 2 июля 2003 года предъявили обвинения по части 3 статьи 159 (хищение чужого имущества, путем обмана, в составе организованной группы, в крупном размере); части 3 статьи 164 (причинение имущественного ущерба путем обмана или злоупотребления доверием, совершенное организованной группой и причинившее крупный ущерб); статье 315 (злостное неисполнение вступившего в законную силу решения суда представителями коммерческой организации).

29 июля 2003 года добавилось обвинение по пунктам "а", "б" части 2 статьи 199 (уклонение от уплаты налогов с организации в особо крупном размере, группой лиц по предварительному сговору, неоднократно); 10 февраля 2004 года – обвинение по части 2 статьи 198 (уплата налога физическим лицам в особо крупном размере); 17 февраля 2004 года – обвинение по части 4 статьи 160 (присвоение чужого имущества в особо крупном размере).